دفتر توانمندسازی صندوق نوآوری و شکوفایی با رویکردی علمی و عملیاتی قصد دارد ظرفیت های توانمندساز کشور را تجمیع نموده و از شرکت های دانش بنیان جهت استفاده از این ظرفیت های توانمندساز حمایت نماید.
به همین منظور دفتر توانمندسازی صندوق نوآوری و شکوفایی، بر اساس هفت طرح راهبردی و ۴۶ برنامه عملیاتی تدوین شده در دفتر، اقدام به ارائه خدمات توانمندسازی و تجاری سازی به شرکت های دانش بنیان می نماید که مهمترین این خدمات شامل الف) خدمات یادگیری (مشتمل بر دوره های آموزشی، کارگاه های آموزشی و سمینارها و کنفرانس های تخصصی)؛ ب) خدمات مشاوره ساعتی(مشاوره حل مشکل و چالش های پیش رو شرکت های دانش بنیان از طریق شبکه مشاوران)؛ ج) خدمات توسعه زیر ساخت های رقابتی(مشتمل بر اخذ و مشاوره استانداردها و جوایز ملی و بین المللی)، د) خدمات مدیریت نوآوری و تجاری سازی(پروژه های مدیریت نوآوری، توسعه عملیات فنی و تجاری و مدیریت بنگاه)؛ ه) خدمات تدوین برنامه های راهبردی خوشه های فناوری می باشد.